Struktur organisasi Fakultas Pertanian terdiri atas Dekanat, Senat, Departemen, dan Program Studi. Dekanat terdiri atas Dekan yang merupakan pimpinan fakultas, yang dibantu oleh tiga wakil, yakni Wakil Dekan 1 bidang Akademik dan Kemahasiswaan; Wakil Dekan 2 bidang Perencanaan dan Sumberdaya; dan Wakil Dekan 3 bidang Kemitraan, Riset, Inovasi, dan Alumni.

Administrasi dekanat dibantu oleh Bagian Tata Usaha, yang terdiri atas Sub-bagian Akademik dan Kemahasiswaan; Sub-bagian Perencanaan dan Sumberdaya Manusia; dan Sub-bagian bidang Kemitraan, Riset, Inovasi, dan Alumni. Kemudian ada Senat Fakultas, yakni badan normatif dan perwakilan tertinggi di lingkungan fakultas yang memiliki wewenang untuk menjabarkan kebijakan dan peraturan universitas untuk fakultas yang bersangkutan yang dipimpin oleh seorang Ketua Senat. Anggota Senat terdiri atas seluruh Guru Besar dan ditambah dengan dua wakil Departemen Non-Guru Besar.

Fakultas Pertanian menyelenggarakan enam program studi pada jenjang Sarjana, dua program studi pada jenjang Magister, serta satu program studi pada jenjang Doktor. Program studi Sarjana yang dikelola meliputi Agroteknologi, Agribisnis, Ilmu Tanah, Proteksi Tanaman, Pembangunan Pertanian, dan Pemuliaan dan Bioteknologi Tanaman.

Pada jenjang Magister, Fakultas Pertanian mengelola program studi Agroteknologi dan Ilmu Hama dan Penyakit Tumbuhan. Program studi Doktor Ilmu Pertanian dialihkan pengelolaannya ke Fakultas Pertanian sejak tahun 2025, setelah sebelumnya berada di bawah Sekolah Pascasarjana. Program studi Ilmu Tanah dan Proteksi Tanaman mulai dibuka pada tahun 2021, Program Studi Pembangunan Pertanian dibuka pada tahun 2024, dan Program Studi Pemuliaan dan Bioteknologi Tanaman mulai dibuka pada tahun 2025