Kegiatan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat (P2M) yang dilaksanakan di Fakultas Pertanian merupakan bagian yang tak terpisahkan dengan program-program penelitian dan pengabdian kepada masyarakat yang dilakukan di tingkat Universitas melalui Lembaga Penelitian dan Pengabdian pada Masyarakat (LP2M). Pembiayaan kegiatan P2M di Fakultas pertanian berasal dari berbagai sumber. Secara umum, terdapat tiga kelompok pembiayaan P2M, yakni: (i) Program Penelitian Desentralisasi; (ii) Program Penelitian Hibah Kompetitif Nasional (DIKTI, LIPI, dan Kementerian Riset dan Technologi); dan (iii) Skema Program Penelitian Kerjasama dengan pemerintah pusat (kementerian/lembaga), BUMN, perusahaan, lembaga donor luar negeri, dan lain-lain).

Tema penelitian dan pengabdian pada masyarakat yang diusung Fakultas Pertanian sejalan dengan tema riset unggulan rumpun ilmu Agrokompleks (Fakultas Pertanian, Fakultas Peternakan, Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan, dan Fakultas Kehutanan). Sebagaimana dimuat dalam Renstra Penelitian Universitas Hasanuddin tahun 2020-2024, tema riset unggulan rumpun ilmu agrokompleks adalah Efisiensi, Efektivitas, dan Optimasi Sumberdaya Melalui Teknologi Spesifik dan Ramah Lingkungan. Tema riset unggulan agrokompleks terdiri empat sub tema, yakni yaitu: 1) Optimasi Sistem Pertanian Tropis; 2) Pengelolaan sumberdaya Wilayah Pesisir dan Laut berbasis Ekosistem; 3) Optimasi Sumberdaya Lokal untuk Ketahanan Pangan Hewani Nasional; 4) Pengelolaan Hutan Rakyat Kawasan Wallacea sebagi Sistem Penyanggah kehidupan. Berdasarkan pada sub tema tersebut, maka Fakultas Pertanian fokus pada tema ”Optimasi  Sistem Pertanian Tropis.”

P2M di Fakultas Pertanian dilakukan secara berkelompok, yang personilnya dapat berasal dari rumpun ilmu sama (satu departemen) atau lintas departemen dan lintas fakultas, dengan sistem berkelompok tersebut setiap dosen berpartisipasi pada kegiatan P2M. Fakultas Pertanian berkontribusi signifikan pada kegiatan P2M baik pada skim hibah internal Unhas maupun hibah DIKTI.

Selain pendanaan dari danan hibah internal Unhass dan hibah Dikti, Fakultas Pertanian juga melakukan kegiatan P2M melalui skim kerjasama dari berbaga pihak, baik dari pihak Kementerian/lembaga, Pemda, BUMN, Perusahaan Swasta maupun lembaga internasional. Hal ini  terlihat jumlah dana penelitian melalui skim kerjasama yang cukup besar setiap tahunnya.

Melalui kegiatan P2M yang diselenggarakan oleh Fakultas Pertanian, memposisikan fakultas ini sebagai fakultas yang cukup produktif menghasilkan publikasi ilmiah, baik dalam bentuk jurnal, Prosiding, maupun dalam bentuk hak kekayaan intelektual (HKI). Hingga tahun 2022 jumlah HKI Fakultas Pertanian mencapai 46 HKI dengan rincian Paten sebanyak 43 unit; Desain Industri sebanyak 2 unit dan Hak cipta sebanyak 1 unit.