Fakultas Pertanian didirikan bertepatan dengan hari ulang tahun kemerdekaan Republik Indonesia ke-17, pada tanggal 17 Agustus 1962, sebagai fakultas ketujuh di Universitas Hasanuddin, dan diresmikan oleh Menteri Pendidikan dan Ilmu Pengetahuan Prof. Dr. Ir. Toyib Hadiwijaya. Pada tahun pertama, fakultas menerima 75 mahasiswa untuk Jurusan Teknik Pertanian, dan pada tahun akademik 1963 membuka Jurusan Kehutanan.

Pada tahun ajaran 1964–1965, Fakultas Pertanian dibenahi menjadi tiga jurusan, yaitu Teknik Pertanian, Perusahaan Pertanian, serta Penyuluhan Pertanian dan Kehutanan. Penyelesaian studi mahasiswa angkatan pertama dilakukan melalui proses afiliasi ke Fakultas Pertanian Institut Pertanian Bogor (1967–1972). Melalui afiliasi tersebut, Fakultas Pertanian menghasilkan sarjana pertama, yaitu Engelbert O.M pada tahun 1969. Jurusan Perikanan dibuka pada tahun akademik 1969.

Pada periode 1972–1983, Fakultas Pertanian berubah nama menjadi Fakultas Ilmu-Ilmu Pertanian yang meliputi pertanian, kehutanan, peternakan, dan perikanan. Selanjutnya pada tahun 1983–1987 berubah menjadi Fakultas Pertanian dan Kehutanan. Pada tahun 1977, struktur organisasi Universitas Hasanuddin berubah dari bentuk piramida menjadi matriks, dan Unhas menyederhanakan jumlah serta jenis fakultas sehingga Fakultas Pertanian dan Fakultas Peternakan digabung menjadi Fakultas Ilmu-Ilmu Pertanian.

Era baru perkembangan dimulai sejak berlakunya PP No. 5 Tahun 1980 tentang Pokok-Pokok Organisasi Universitas/Institut Negeri dan Keppres No. 68 Tahun 1982 tentang Susunan Organisasi Universitas Hasanuddin. Kepmendikbud RI No. 0154/O/1983 kemudian mengatur perubahan nama Fakultas Ilmu-Ilmu Pertanian menjadi dua fakultas, yaitu Fakultas Pertanian dan Fakultas Peternakan. Pada tahun 1993, sesuai Kepmen Depdikbud RI No. 0134/O/93 tanggal 27 Februari 1993, nama fakultas berubah menjadi Fakultas Pertanian dan Kehutanan.

Jurusan Kehutanan yang selama ini berada di bawah naungan Fakultas Pertanian dan Kehutanan memisahkan diri menjadi fakultas tersendiri, yaitu Fakultas Kehutanan, pada tahun 2007. Sejak saat itu nama fakultas kembali menjadi Fakultas Pertanian hingga sekarang.