Fakultas Pertanian didirikan bertepatan dengan hari ulang tahun kemerdekaan  Republik Indonesia ke 17, pada tanggal 17 Agustus 1962 sebagai fakultas ke tujuh di Universitas Hasanuddin, diresmikan oleh Menteri Pendidikan dan Ilmu Pengetahuan Prof. Dr. Ir. Toyib Hadiwijaya. Pada tahun pertama menerima mahasiswa 75 orang untuk Jurusan Teknik Pertanian dan tahun akademik 1963 membuka Jurusan Kehutanan.  Pada tahun ajaran 1964-1965 Fakultas Pertanian dibenahi  menjadi tiga jurusan, yaitu Teknik Pertanian, Perusahaan Pertanian, Penyuluhan Pertanian dan Kehutanan. Penyelesaian studi mahasiswa angkatan pertama dilakukan melalui proses  afiliasi  ke Fakultas Pertanian Institut Pertanian Bogor (IPB) Bogor  (1967-1972). Melalui afiliasi maka Fakultas Pertanian menghasilkan sarjana pertama yaitu Engelbert O.M pada tahun 1969.  Selanjutnya Jurusan Perikanan dibuka pada tahun akademik 1969.  Pada periode 1972-1983 Fakultas Pertanian mengalami perubahan nama menjadi fakultas ilmu-ilmu pertanian meliputi pertanian, kehutanan, peternakan dan perikanan. Selanjutnya pada tahun 1983-1987 Fakultas Pertanian  berubah  Fakultas Pertanian dan Kehutanan. Fakultas Pertanian Unhas yang didirikan pada tanggal 17 Agustus 1962 sampai sekarang telah mengalami beberapa kali penggantian nama fakultas dan perubahan struktur organisasi. Pada tahun 1977 struktur organisasi Universitas Hasanuddin mengalami perubahan dari bentuk struktur piramida menjadi struktur organisasi matriks. Unhas melaksanakan penyedehanaan jumlah dan jenis fakultas, sehingga Fakultas Pertanian dan Fakultas Peternakan digabung menjadi satu fakultas dengan nama Fakultas Ilmu-Ilmu Pertanian.

Era baru perkembangan Fakultas Pertanian dan Kehutanan Unhas dimulai sejak berlakunya PP No. 5 Tahun 1980 tentang Pokok-Pokok Organisasi Universitas/Institut Negeri, Keppres No. 68 Tahun 1982 tentang Susunan Organisasi Universitas Hasanuddin. Pemerintah  mengeluarkan Kepmendikbud RI No. 0154/O/1983 sebagai penjabaran dari PP No.5 Tahun 1980, tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Hasanuddin. Kepmen tersebut mengatur perubahan nama Fakultas Ilmu-Ilmu Pertanian  menjadi dua fakultas yaitu Fakultas Pertanian dan Fakultas Peternakan. Jurusan dan program studi juga turut mengalami perubahan sesuai Kepmen Depdikbud RI No.  0563/O/1980 dan Keputusan Dirjen Dikti No. 108/ DIKTI/Kep/1984. Pada tahun 1993, sesuai perkembangannya, Fakultas Pertanian mengalami perubahan nama menjadi Fakultas Pertanian dan Kehutanan berdasarkan Kepmen Depdikbud RI No. 0134/O/93 tanggal 27 Februari 1993.

Seiring dengan perkembangan dan dinamika di dunia perguruan tinggi maka selalu terjadi perubahan nama fakultas. Tercatat bahwa nama Fakultas Pertanian yang ada sejak tahun 1962, berubah nama tahun 1972 menjadi Fakultas Ilmu-Ilmu Pertanian. Kemudian, pada tahun 1986 berubah lagi menjadi Fakultas Pertanian dan Kehutanan. Jurusan Kehutanan yang selama ini berada di bawah naungan Fakultas Pertanian dan Kehutanan memisahkan diri menjadi Fakultas tersendiri yaitu Fakultas Kehutanan pada tahun 2007, dan saat itu nama fakultas kembali lagi menjadi Fakultas Pertanian. Selama ini Fakultas Pertanian telah mengalami pergantian pimpinan sebanyak 13 kali. Nama-nama yang pernah menjadi Dekan secara berturut-turut  dari tahun 1962-2014 adalah sebagai berikut:

1. Prof. Arnold Mononutu (Ilmu Pertanian) – 1962-1964
   
   
2. Ir. Zainuddin Daeng Maupa (Ilmu Pertanian) – 1964-1966
   
   
3. Prof. Dr. Ir. Fachrudin (Hama & Penyakit Tumbuhan) – 1966-1969
   
   
4. Prof. Dr. Ir. A. Muin Pabinru (Agronomi) – 1969-1972
   
   
5. Ir. Ny. S. S. Hartono, M.Sc (Hortikultura) – 1972-1981
   
   
6. Dr. Ir. Mas’ud Yunus, M.Sc (Kehutanan) – 1981-1986
   
   
7. Prof. Dr. Ir. M. Arifin Sallatang(Sosial Ekonomi Pertanian) -1986-1989
   
   
8. Prof. Dr. Ir. Muslimin Mustafa, M.Sc (Ilmu Tanah) – 1989-1995
   
   
9. Prof. Dr. Ir. Ambo Ala, MS (Agronomi) – 1995-2002
   
   
10. Prof. Dr. Ir. M. Syawal, M.Sc (Sosial Ekonomi Pertanian) – 2002-2006
    
    
11. Prof. Dr. Ir. Mursalim (Teknologi Pertanian) – 2006-2010
    
    
12. Prof. Dr. Ir. Yunus Musa, M.Sc(Agronomi) – 2010-2014
    
    
13. Prof. Dr. Ir. Sumbangan Baja, M.Phil (Ilmu Tanah) – 2014-2018
    
    
14. Prof. Dr. Sc. Agr. Ir. Baharuddin (Hama dan Penyakit Tumbuhan) 2018 – 2022