Struktur organisasi Fakultas Pertanian terdiri atas Dekanat, Senat, Jurusan/Departemen, dan Program Studi. Dekanat terdiri atas Dekan yang merupakan pimpinan fakultas, yang dibantu oleh tiga wakil, yakni Wakil Dekan 1 bidang Akademik; Wakil Dekan 2 bidang Administrasi, Keuangan, dan Prasarana; dan Wakil Dekan 3 bidang Kemahasiswaan. Untuk urusan administrasi, dekanat dibantu oleh Bagian Tata Usaha, yang terdiri atas Sub-bagian Umum, Keuangan, dan Kepegawaian; Sub-bagian Perlengkapan; Sub-bagian Akademik; dan Sub-bagian Kemahasiswaan. Kemudian ada Senat Fakultas, yakni badan normatif dan perwakilan tertinggi di lingkungan fakultas yang memiliki wewenang untuk menjabarkan kebijakan dan peraturan universitas untuk fakultas yang bersangkutan. Dekan adalah exo-fisio ketua Senat Fakultas, yang dibantu oleh satu orang Sekertaris senat. Anggota Senat terdiri atas seluruh Guru Besar dan ditambah dengan  dua wakil jurusan Non-Guru Besar.

Jurusan/Departemen adalah himpunan sumber daya pendukung program studi dalam satu rumpun disiplin ilmu pengetahuan dan teknologi. Jurusan/Departemen di lingkungan Fakultas Pertanian Unhas sesuai Kepmen Depdikbud RI No. 0563/O/1980 tanggal 5 Desember 1980 menetapkan lima jurusan yang bernaung di bawah Fakultas Pertanian Unhas yaitu: Jurusan Budidaya Pertanian; Jurusan Ilmu Tanah; Jurusan Sosial Ekonomi Pertanian ; Jurusan Hama & Penyakit Tumbuhan; dan Jurusan Teknologi Pertanian.

Di bawah jurusan/departemen, terdapat program studi (prodi) S1 dan S2 Mono-disiplin, disamping itu jurusan juga berasosiasi dengan prodi S2 dan S3 multidisiplin. Sejak diberlakukannya SK Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi (DIKTI) No.163 tahun 2007 tgl 29 November 2007, yang mengatur penatalaksanaan Prodi di Perguruan Tinggi, maka prodi-prodi di Fakultas Pertanian mengalami penyesuaian dan perubahan nama seperti disajikan pada Tabel berikut:

StrataProgram StudiPengelola Administrasi