Program Studi Magister Keteknikan Pertanian didirikan pada tanggal 17 September 2009 berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan Nasional RI No. 3019 dan 3024/02.2/2009. Lulusan dari Perogram Studi ini Bergelar akademik Magister Pertanian. Metode pembelajaran yang diterapkan dalam Program Magister Keteknikan Pertanian adalah proses belajar mandiri atau Student Centre Learning System (sistem SCL). Mahasiswa dianggap mampu mengorgansir diri dalam meningkatkan kapasitasnya. Dosen pengampuh atau pembina matakuliah hanya sebagai mediator dan motivator dalam proses. Sistem pembelajaran dilaksanakan dengan tatap muka (lecturing class, diskusi, presentasi, dan tutorial), penugasan yang langsung menerapkan ilmu dan teknologi yang diperoleh, laboratorium (terpandu dan mandiri), dan penelitian dan penulisan semi independen. Penyusunan kurikulum sesuai dengan visi dan misi Program Studi Teknik Pertanian dan berdasarkan rujukan dari beberapa kurikulum program Magister di Universitas dalam negeri dan Universitas luar negeri, serta memperhatikan masukan dari pelaksana pembangunan pertanian dan pemakai lainnya (perusahaan BUMN, perusahaan swasta) yang dapat menunjang pencapaian kualifikasi lulusan yang diinginkan sesuai tujuan Program Studi.