Struktur organisasi Fakultas Pertanian terdiri atas Dekanat, Senat, Departemen, dan Program Studi. Dekanat terdiri atas Dekan yang merupakan pimpinan fakultas, yang dibantu oleh tiga wakil, yakni Wakil Dekan 1 bidang Akademik dan Kemahasiswaan; Wakil Dekan 2 bidang Perencanaan, Sumberdaya dan Alumni; dan Wakil Dekan 3 bidang Riset, inovasi dan Kerjasama. Untuk urusan administrasi, dekanat dibantu oleh Bagian Tata Usaha, yang terdiri atas Sub-bagian Akademik dan Kemahasiswaan; Sub-bagian Perencanaan, Sumberdaya dan Alumni; dan Sub-bagian bidang Riset, Inovasi dan Kerjasama. Kemudian ada Senat Fakultas, yakni badan normatif dan perwakilan tertinggi di lingkungan fakultas yang memiliki wewenang untuk menjabarkan kebijakan dan peraturan universitas untuk fakultas yang bersangkutan yang dipimpin oleh seorang Ketua Senat. Anggota Senat terdiri atas seluruh Guru Besar dan ditambah dengan  dua wakil Departemen Non-Guru Besar.

Departemen/Jurusan adalah himpunan sumber daya pendukung program studi dalam satu rumpun disiplin ilmu pengetahuan dan teknologi. Jurusan/Departemen di lingkungan Fakultas Pertanian Unhas sesuai Kepmen Depdikbud RI No. 0563/O/1980 tanggal 5 Desember 1980 menetapkan lima jurusan yang bernaung di bawah Fakultas Pertanian Unhas yaitu: Jurusan Budidaya Pertanian; Jurusan Ilmu Tanah; Jurusan Sosial Ekonomi Pertanian ; Jurusan Hama & Penyakit Tumbuhan; dan Jurusan Teknologi Pertanian.

Di bawah jurusan/departemen, terdapat program studi (prodi) S1 dan S2 Mono-disiplin, disamping itu jurusan juga berasosiasi dengan prodi S2 dan S3 multidisiplin. Sejak diberlakukannya SK Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi (DIKTI) No.163 Tahun 2007 tgl 29 November 2007, yang mengatur penatalaksanaan Prodi di Perguruan Tinggi, maka prodi-prodi di Fakultas Pertanian mengalami penyesuaian dan perubahan nama seperti disajikan pada Tabel berikut:

Strata Program Studi Pengelola Administrasi